Kista folkhögskolas första rektor, Abdulkader Habib, inledde 2005 ett samarbete med Sjöviks folkhögskola i Dalarna. Sjöviks folkhögskola som har en kristen profil blev en lärorik mentor för bildandet och utvecklingen av Kista folkhögskola.
2007 fick Kista folkhögskola starta som en försöksverksamhet och 2010 som en egen folkhögskola. Det är idag den enda av Sveriges 154 folkhögskolor som har en muslimsk profil i en interkulturell studiemiljö.
Skolan har – förutom allmänna kurser på grund-och gymnasienivå- SFI, etablerings- och yrkesprofilkurser även utvecklat särskilda kurser t.ex i arabiska och en teologiutbildning i islam.
Kista folkhögskola ligger i den dynamiska förorten Kista där människor med bakgrund från olika delar av världen möts. Skolan samarbetar med lokalsamhället genom Kista Träff och Khadija Center som inkluderar en bönesal och ett turkiskt café.
Hösten 2016 inleddes ett samarbete mellan Kista folkhögskola och Paideia – det svenska institutet för judiska studier – med hemort i Stockholm. Målet är att också Paideia ska bli en egen folkhögskola med judisk profil.
Kista folkhögskolas historia speglar vår vilja att samverka, i sann folkbildningsanda, med olika minoriteter och samfund i ett pluralistiskt samhälle.